Способов загрязнения пруда может быть несколько. В первую очередь, он подвергается механическому засорению, т.е. в него попадают ветки, опавшая листва пух, пыльца с цветов, бытовой мусор и т.д. На протяжение нескольких дней такой мусор держится на воде после чего опускается на дно водоема и начинает гнить.

Появление маслянистой пленки так же свидетельствует о том, что водоем загрязнен. Причем обычно от подобного пруда исходит довольно неприятный запах. Можно столкнуться и с тем, что  типовое разнообразие пруда исчезает из-за доминирования определенного вида растений.  Очень часто пруды засоряются рогозой (камыш), сине-зелеными водорослями. Признаком загрязнения является и повышенное газообразование водоема. Если пруд контактирует с внешними водоемами, то он может быть загрязнен химикатами.

Существует две главные причины, по которым водоемы засоряются. В первую очередь, на дне может образовываться большое количество органики, из-за которой уровень кислорода снижается. Кроме этого в воде может образовываться биогенные компоненты. Как результат – пруд начинает зарастать погруженной растительностью, а так же цветет сине-зелеными водорослями. Те системы, в которых количество биогенных компонентов огромно,  могут иметь сильное расслоение толщи воды. Верхний слой (около 50см) прогревается более интенсивно, а те слои, что располагаются непосредственно  у самого дна, остаются очень холодными, и вода в них более темная, а придонная часть практически не просматривается.